La chiesa è una rimodellazione ottocentesca (1885-1893), a opera dell’architetto Alfonso Parrocchetti, in forme tardo neoclassiche, della versione cinque-seicentesca dell’edificio, costruito tra il 1580 e il 1630.
La chiesa è a tre navate, a pianta basilicale con presbiterio e copertura a volta a botte unghiata.
La facciata, nel suo registro superiore reca come elementi ornamentali un bassorilievo raffigurante il Padre Eterno, coevo alla ristrutturazione ottocentesca, e una lunetta che riporta l’immagine a mosaico del Martirio di Santa Margherita (Angelo Bonfanti, 1986) che replica l’affresco deteriorato eseguito dal pittore Romeo Rivetta nel 1902.
Nel registro inferiore si aprono i tre portali lignei (fine ’800) in corrispondenza delle tre navate.
Il campanile è stato ricostruito (1913–1920, arch. Giulio Grassi) dopo il danneggiamento dell’antica torre cinquecentesca provocato da un ciclone nel 1910.
